Sırasıyla Hurri ve Urartu Krallıkları'nın parçası olan Hakkari, Pers İmparatorluğu'nun egemenliğinden sonra Arap egemenliğine geçmiştir. Daha sonra Selçuklular'ın kontrolüne giren kent, 1536 yılında Osmanlı İmparatorluğu topraklarına katılmıştır.
Coğrafi konumu sayesinde pek çok millete ev sahipliği yapan Hakkari, 1662 tarihinde Katolik mezhebini benimsemeyen Asuriler Diyarbakır metropoliti XIII. Mar Şimun Denha önderliğinde yeniden örgütlenerek Hakkari'nin Kodşanis/Koçanis (halen Konak) köyünü patriklik merkezi olarak benimsemişlerdir. Nasturi patrikleri 1918 yılına kadar bu köyde ikamet etmişlerdir. 19. yüzyıl ortalarına dek Hakkari nüfusunun yaklaşık yarısını oluşturan Nasturiler, 1843 ve 1846'da Cizre Emiri Bedirhan Bey ile Hakkari Emiri Nurullah Bey'in düzenlediği iki saldırıda önemli ölçüde zayiat vermişlerdir. 1915-18 döneminde Kürt aşiretleri ile çatışan Hakkari Nasturileri önce İran'da Urmiye yöresine ve daha sonra İngiliz yönetimine giren Irak'a iltica etmişler, 1924'te topluca geri dönmeye teşebbüs etmişlerse de 12-28 Eylül 1924 tarihleri arasında yürütülen Şemdinli Harekâtı ile tenkil edilerek geri püskürtülmüşlerdir.
Hakari'nin en büyük akarsuyu olan Zap Nehri
