Bundan sonraki dönemde Uygurlar, Çinlilerin yanı sıra Ruslarla da mücadele etmek zorunda kaldılar. Ruslar, Doğu Türkistan'ın cumhurbaşkanını zorla devirip yerine bir Çinliyi getirdiler. Doğu Türkistan'da Hoca Niyaz Han da dahil olmakla 300.000 asker hapsolundu, binlerce insan öldürüldü. Rus işgâli, 1944'e kadar devam etti.
İkinci Dünya Savaşı devrinde Doğu Türkistan'a öncülük eden Çinli Şen, Rusları kovdu. Bundan sonra ise milliyetçi Çin birlikleri, Doğu Türkistan'ı işgâl ettiler. Onların ilk işi, bölgeyi Çinlileştirmek oldu. Bölgeye Çin'den çok sayıda insan getirildi. Çin dili, mecburi dil haline getirildi. Türkler, Çinlilerle evlenmeye mecbur edildi. Aydın Türkler, hapse atıldı. Komünist Çin birlikleri, 1949'a kadar Uygur Türklerine zulmettiler.
1949'da Çin Halk Cumhuriyeti kuruldu. 6 yıl sonra, Sincan Muhtar Vilayeti oluşturuldu. Fakat bu dönemde de Uygurların hakları yok sayıldı ve milli azlık olarak hukukları temin edilmedi. Ya Doğu Türkistan devletinin yeniden kurulması, ya da daha yüksek statülü muhtariyet talep eden Uygurlar ise hapishanelere gönderildi, sürgün edildi, işkencelere maruz kaldı.
1993'ün resmi kayıtlarına göre, Doğu Türkistan halkının nüfusu, 16 milyondur. Bunun G'sini yerli halk olan Müslüman Uygurlar teşkil ediyor. İkinci büyük çokluk ise 7'lik han milletinden olan Çinlilerdir. Ülkenin üçüncü büyük halkı, nüfusu bir milyondan çok olan Kazak Türkleridir. Doğu Türkistan'da Çin Müslümanları, Kırgız Türkleri, Moğollar, Tacikler, Mançurlar, Özbekler, Ruslar, Dağurlar ve Tatar Türkleri de yaşamaktadırlar.
Han milletinin bu bölgede yaşaması ve artması, Çinlileştirme (asimilize) siyasetinin bir parçasıdır ve (Çinliler, böylece bu) sayıları(nı) şişirdiler. Uygurların nüfusu ise, Doğu Türkistan'dan olanların iddiasına göre, azaltıldı. Şöyle ki, Doğu Türkistan'dan olanlar, bu bölgede en azı 40 milyon insan yaşadığını ve onların 30 milyonunun Müslüman Türklerden ibaret olduğunu söylüyor. Çin iktidarı, Müslüman Türklerin birbirileriyle yakınlıklarını aradan kaldırmak üçün bölgeleri etnik kuruluşlarına göre muhtar kasaba, muhtar bölge gibi parçalara ayırdı. Müslüman Türklere çocuk sayını kısıtlama, mecburi abort gibi metotlar tatbik olunur. En bereketli topraklar, Çinlilere verildi. Bütün fabrikalar, Doğu Türkistan'a yerleştirilen Çinlilerin yaşadıkları arazilerde kuruldu.
Uygurlar, 1949'dan sonra da özerklik ve hakları uğrunda mücadelelerini davam ettirdiler. Fakat Doğu Türkistan'ın özgürlük isteyen aydınları, ya hapse, ya da sürgüne gönderildiler. Son 50 yılda Doğu Türkistan'ın problemlerini dünyaya duyurmaya çalışan en meşhur isimlerden biri, İsa Yusuf Alptekin oldu. Doğu Türkistan'ın sembolü haline gelen İsa Yusuf Alptekin, 1901'de Kaşkar'da doğdu. 1936'da Çin Cumhuriyet Meclisine seçildi.1947'de Doğu Türkistan hükümetinin baş katibi oldu. 1949'da Çin Halk Kurtuluş Ordusu'nun Doğu Türkistan'a yerleştirilmesinden sonra Hindistan'a – Keşmir'e sığındı. 1954'te Türkiye'ye göç etti ve orada Doğu Türkistan Muhacirler Cemiyeti'ni kurdu ve Doğu Türkistan'ın sesini dünyaya duyurmağa çalıştı. 1995'te ahirete intikal etti. Oğlu Erkin Alptekin de Doğu Türkistan özgürlük hareketinin iştirakçilerindendir ve şu anda Almanya'da yaşamaktadır.
