Baz çifti geometrisi
Bir baz çiftinin geometrisi 6 koordinat ile tanımlanabilir: yükselti, burulma, kayma, ötelenme, yatıklık ve yalpa (İngilizce rise, twist, slide, shift, tilt, ve roll). Bu değerler DNA molekülündeki her bir baz çiftinin uzaydaki konum ve doğrultusunu, sarmalda kendisinden bir evvelkine göreli olarak tam olarak tanımlar. Bunlar topluca molekülün sarmal yapısını tanımlarlar. Bir DNA molekülünde normal yapının bozulmuş olduğu bölgelerde bu değerler bozulmayı betimlemek için kullanılır.
Herbir baz çifti için aşağıdaki parametreler de tanımlanmıştır:
Pervane burulması(Propeller twist)
Aynı baz çiftindeki bir bazın düzleminin diğerinin düzlemine göre açısı
Öteleme (Shift)
Baz çifti düzleminde bir bazın ötekine göre kayma oranı, küçük oyuktan büyük oyuk doğrultusunda.
Eğim(Tilt)
Bu eksen etrafındaki dönme.
Kayma (Slide)
Baz çifti düzleminde bir iplikçikten ötekine doğru kayma.
Baz çift düzlemini uzun ekseni etrafında dönmesi (Roll)
rotation around this axis.
Yükselme (Rise)
sarmal ekseni boyunca ötelenme.
Burulma (Twist)
sarmal ekseni etrafında dönme.
Hatve (Pitch)
Sarmalda bir tam dönüşteki baz çifti sayısı
Yükselme ve burulma, sarmalın elliliğini ve hatvesini belirler. Diğer parametreler sıfıra eşit olabilir. Kayma ve ötelenme, B-DNA'da tipik olarak küçük değerlerdir ama A- ve Z-DNA'da büyük değerlere sahip olabilir. Yatıklık ve yalpa, ardışık baz çiftlerinin daha az paralel olmasına neden olur ve bunlar tipik olarak küçük değerlerdir. Bu parametreler hakkında bir şekil, 3DNA Web sitesinde görülebilir.
Bilimsel literatürde yatıklık (İngilizce "tilt") başka bir anlamda da kullanılabilir; ilk baz çifti ekseninin, sarmal eksenine olan diklikten olan sapması için de bu terim kullanılabilir. Bu anlam, ardışık iki baz çifti arasındaki kaymaya karşılık gelir ve sarmal-tabanlı koordinatlarda daha uygun olarak "eğim" (İng. "inclination") olarak belirtilir.
