Hibridizasyon yöntemini anlatan bir idiogram
DNA ergimesi -Hibridizasyon-
Baz basamaklarının ergime stabilitesi (B DNA)
Basamak Ergime ΔG
................../Kcal mol-1
T A -0.12
T G or C A -0.78
C G -1.44
A G or C T -1.29
A A or T T -1.04
A T -1.27
G A or T C -1.66
C C or G G -1.97
A C or G T -2.04
G C -2.70
DNA ergimesi, ikili sarmalın iplikçikleri arasındaki etkileşimlerin bozulup iki iplikçiğin ayrışması sürecidir. Bu bağlar zayıftır, hafif ısıtma, enzimler veya fiziksel kuvvet ile kolayca kırılırlar. DNA erigimesi tercihli olarak DNA üzerinde belli noktalarda meydana gelir.[20] T ve A zengini diziler, C ve G zengini dizilere kıyasla daha kolay ergir. Belli baz basamakları da DNA ergimesine daha müsaittir, özellikle TA basmaklar ve TG baz basamakları.[21] Bu mekanik özellikler, çoğu genin baş tarafında bulunan TATAA dizisinin varlığını açıklar; bu dizinin kolay ergiyebilir olması, RNA polimerazın transkripsiyona başlamak için DNA iplikçiklerini ayırmasını sağlar.
Hafif ısıtma ile iplikçiklerin ayrılması, polimeraz zincir tepkimesinde (PCR) olduğu gibi, eğer molekül 10.000 baz çiftinden (10 kilobaz çifti veya 10 kbç) küçük ise basittir. DNA iplikçiklerinin birbirine sarılmış olması uzun DNA iplikçiklerinin birbirnden ayrılmasını güç kılar. Hücre bu sorunun üstesinden gelmek için topoizomerazlarla beraber çalışan DNA ergitme enzimleri (helikazlar) kullanır. Topoizomerazlar iki iplikçikten birinin şeker-fosfat omurgasını kimyasal olarak keserek DNA'nın öbür iplikçiği etrafında dönmesini sağlar. Helikazlar iplikçiklere çözerek DNA polimeraz gibi dizi okuyucu enzimlerin ilerlemesini sağlar.
