İstanbul Hükümeti ve işgal devletlerinin kışkırtmalarıyla çıkan ayaklanmaları bastırmak ve günden güne ilerleyen Yunan ordusunu durdurmak, ancak düzenli bir ordu ile mümkündü. Bu iki sorun çözülmeden bağımsızlığı elde etmek imkansızdı. Mondros Mütarekesinden sonra ordular terhis edilmişti. Elde Kazım Karabekir'in komutanı olduğu Erzurum'daki 15. Kolordu'dan başka, gerçek savaş gücü taşıyan birlik yoktu. Ordu yalnız boş kadrolar durumundaydı. Gerek Temsil Heyeti, gerek ardından kurulan yeni Meclis silahlanmaya ve seferberliğe gidecek durumda değildi. Ancak, ayaklanmalar bastırılmalı ve Yunan ilerleyişi durdurulmalıydı.
Batı Anadolu'da, İzmir'in işgalinden sonra vatansever üç Albay, Kazım Özalp (Orgeneral), Bekir Sami (Anday) ve Şerif (Aker) Beyler, emirlerindeki birliklere katılanlarla birlikte direnmeye başlamışlardı. Ancak bu direnişler güçsüzdü ve gerilla eylemleri ile düşmana zarar vermekten öteye geçmiyordu. Bu tür direnişler Kuvay-ı Milliye (Milli Kuvvetler) ruhunu doğurdu. Balıkesir ve Alaşehir Kongreleriyle Egeli yurtseverler bu hareketi daha bilinçli şekilde desteklediler. Yunan işgalinin büyük zulümlerle ilerlemesi pek çok yurttaşın bu direnişlere katılmasını sağladı.
Direniş hareketleri olumlu ama yetersizdi. Kuvay-i Milliye birlikleri içinde Çerkes Ethem gibi büyük başarılar elde edenler oldu. Ancak bu birlikler gerçek bir ordu olmaktan çok uzaktı. Yalnızca kendi şeflerini dinliyor, Ankara'daki Genelkurmayın buyruklarına uymuyorlardı. Ayrıca bu birlikler ayaklananları kendi şeflerinin isteklerine göre hukuk kurallarına uymadan cezalandırıyorlardı. Yunanlıların 22 Haziran 1920'de başlattıkları saldırı önlenemedi. Meclisin, 12 Temmuz 1920'de yaptığı toplantıda bazı milletvekilleri Yunan saldırısının durdurulamamasında cephedeki komutanların suçlu olduğunu belirttiler. Mustafa Kemal Paşa bu suçlamaların doğru olmadığını, Avrupa devletlerince silahlandırılmış ve donatılmış Yunan ordusuna sadece milli ve gönüllü kuvvetlerle karşı koymanın mümkün olmadığını belirterek, artık TBMM'nin gerçek anlamda bir orduya sahip olması gerektiğini ileri sürdü. Bunu gerçekleştirmek için, milli kuvvetlerde bulunan yetenekli personelin, düzenli asker olarak ordu birliklerinin kadrolarına geçirilmesini ve yeniden bazı doğumluların silah altına alınması gerektiğini ifade etti. TBMM'nin bu konudaki kararı üzerine düzenli ordu kurulmaya başlandı.
Bu karara, bazı Kuvay-i Milliye birlikleri karşı çıktı. Ama daha önce Mustafa Kemal'in aldığı önlemlerle bir çok Kuvay-i Milliye birliği ordu içerisinde eritilmişti. Yeni silah altına alınanlarla beraber düzenli ordu hızla oluşmaya başladı. Artık Türk Ordusu temel olarak yeniden kurulmuş bulunuyordu. 9 Kasım 1920 de Batı Cephesi iki komutanlığa bölündü: Batı ve Güney Cepheleri. Batı Cephesi komutanlığına Genel Kurmay Başkanı Albay İsmet (İnönü) Bey, Güney Cephesi komutanlığına da İçişleri Bakanı Albay Refet Bey atandı. Buradaki kuvvetlerin savaş yeteneği artırıldı ve örgütlenmesi sürdürüldü. Milli Mücadelenin ilk günlerinde başarılı hizmetlerde bulunan çete reisi Çerkes Ethem, komutasındaki Kuvay-i Seyyare adını taşıyan müfreze, Albay İsmet Bey'in komutanı olduğu Batı Cephesi içinde yer alıyordu. Çerkes Ethem ve kardeşlerinin cephe komutanını tanımamaları ve düzenli ordu disiplinine uymamaları üzerine, Bakanlar Kurulu 27 Aralık 1920'de bu birliklerin etkisiz hale getirilmesine karar verdi. Çerkes Ethem kuvvetleri, başarılı bir şekilde dağıtıldı ve buyruğundaki kişilerin çoğu düzenli orduya katıldı.
Batı Anadolu'da, İzmir'in işgalinden sonra vatansever üç Albay, Kazım Özalp (Orgeneral), Bekir Sami (Anday) ve Şerif (Aker) Beyler, emirlerindeki birliklere katılanlarla birlikte direnmeye başlamışlardı. Ancak bu direnişler güçsüzdü ve gerilla eylemleri ile düşmana zarar vermekten öteye geçmiyordu. Bu tür direnişler Kuvay-ı Milliye (Milli Kuvvetler) ruhunu doğurdu. Balıkesir ve Alaşehir Kongreleriyle Egeli yurtseverler bu hareketi daha bilinçli şekilde desteklediler. Yunan işgalinin büyük zulümlerle ilerlemesi pek çok yurttaşın bu direnişlere katılmasını sağladı.
Direniş hareketleri olumlu ama yetersizdi. Kuvay-i Milliye birlikleri içinde Çerkes Ethem gibi büyük başarılar elde edenler oldu. Ancak bu birlikler gerçek bir ordu olmaktan çok uzaktı. Yalnızca kendi şeflerini dinliyor, Ankara'daki Genelkurmayın buyruklarına uymuyorlardı. Ayrıca bu birlikler ayaklananları kendi şeflerinin isteklerine göre hukuk kurallarına uymadan cezalandırıyorlardı. Yunanlıların 22 Haziran 1920'de başlattıkları saldırı önlenemedi. Meclisin, 12 Temmuz 1920'de yaptığı toplantıda bazı milletvekilleri Yunan saldırısının durdurulamamasında cephedeki komutanların suçlu olduğunu belirttiler. Mustafa Kemal Paşa bu suçlamaların doğru olmadığını, Avrupa devletlerince silahlandırılmış ve donatılmış Yunan ordusuna sadece milli ve gönüllü kuvvetlerle karşı koymanın mümkün olmadığını belirterek, artık TBMM'nin gerçek anlamda bir orduya sahip olması gerektiğini ileri sürdü. Bunu gerçekleştirmek için, milli kuvvetlerde bulunan yetenekli personelin, düzenli asker olarak ordu birliklerinin kadrolarına geçirilmesini ve yeniden bazı doğumluların silah altına alınması gerektiğini ifade etti. TBMM'nin bu konudaki kararı üzerine düzenli ordu kurulmaya başlandı.
Bu karara, bazı Kuvay-i Milliye birlikleri karşı çıktı. Ama daha önce Mustafa Kemal'in aldığı önlemlerle bir çok Kuvay-i Milliye birliği ordu içerisinde eritilmişti. Yeni silah altına alınanlarla beraber düzenli ordu hızla oluşmaya başladı. Artık Türk Ordusu temel olarak yeniden kurulmuş bulunuyordu. 9 Kasım 1920 de Batı Cephesi iki komutanlığa bölündü: Batı ve Güney Cepheleri. Batı Cephesi komutanlığına Genel Kurmay Başkanı Albay İsmet (İnönü) Bey, Güney Cephesi komutanlığına da İçişleri Bakanı Albay Refet Bey atandı. Buradaki kuvvetlerin savaş yeteneği artırıldı ve örgütlenmesi sürdürüldü. Milli Mücadelenin ilk günlerinde başarılı hizmetlerde bulunan çete reisi Çerkes Ethem, komutasındaki Kuvay-i Seyyare adını taşıyan müfreze, Albay İsmet Bey'in komutanı olduğu Batı Cephesi içinde yer alıyordu. Çerkes Ethem ve kardeşlerinin cephe komutanını tanımamaları ve düzenli ordu disiplinine uymamaları üzerine, Bakanlar Kurulu 27 Aralık 1920'de bu birliklerin etkisiz hale getirilmesine karar verdi. Çerkes Ethem kuvvetleri, başarılı bir şekilde dağıtıldı ve buyruğundaki kişilerin çoğu düzenli orduya katıldı.
